A ACI está vinculada diretamente à Reitoria, configurando-se como instância de segunda linha de defesa. Sua finalidade é prestar serviço técnico especializado nos atos de controle praticados no âmbito da UFPA, bem como fornecer suporte e acompanhamento às demandas oriundas do Tribunal de Contas da União (TCU) e da Controladoria-Geral da União (CGU). A unidade exerce suas atribuições sem excluir a competência dos controles próprios dos sistemas instituídos no âmbito da Administração Pública Federal, nem o controle inerente à Auditoria Interna (Audin) e às demais unidades da UFPA.